Projet EMERGEN

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L’émergence de variants du SARS-CoV-2 dont les caractéristiques sont susceptibles de modifier la dynamique de l’épidémie en France souligne la nécessité de soutenir les activités de surveillance épidémiologique et virologique en renforçant la surveillance moléculaire, notamment par séquençage. 

Ces connaissances sont essentielles pour renforcer la maîtrise du risque infectieux en population et pour éclairer les décisions publiques.

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La surveillance génomique et la recherche sur les infections à pathogènes émergents

Dans cette optique, le projet EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne), coordonné par Santé publique France et l'ANRS | Maladies infectieuses émergentes, vise à déployer un système de surveillance génomique et de recherche sur les infections à pathogènes émergents (infections virales et à plus long terme bactériennes, fongiques, parasitaires). 

Ce système se positionne en soutien transversal de l’activité de surveillance et d’investigation de Santé publique France et des Centres Nationaux de Référence (CNR). 

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    Deux objectifs principaux à court terme

    • Décrire et suivre la circulation des variants de SARS-CoV-2 déjà connus jusqu’à la maille territoriale la plus fine possible, mais aussi détecter, identifier et ensuite suivre dans les meilleurs délais la circulation de nouveaux variants d’intérêt (c’est-à-dire ceux ayant des conséquences fonctionnelles, en termes de transmissibilité ou de pathogénicité par exemple). Une liste de cibles prioritaires permet d’explorer différentes populations (en ville, en établissements médico-sociaux, en établissements de santé) et d’obtenir le matériel biologique et les métadonnées nécessaires aux activités de séquençage et de leur interprétation.
    • Promouvoir et financer des projets de recherche au sein du consortium, en lien avec le séquençage de nouveaux variants du SARS-CoV-2, notamment autour de plusieurs volets : un volet expérimental et modèles animaux, un volet cohortes, un volet modélisation et un volet environnemental (eaux usées).
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    Trois piliers nécessaires pour mettre en place ce système 

    1. Une stratégie de sélection et de collecte des échantillons :

    • Des enquêtes Flash représentatives menées sur le territoire national (incluant les territoires d’Outre-mer) : en ville (prélèvements issus des laboratoires de biologie spécialisés ; du Réseau Sentinelles ; de certains dépistages réalisés en milieu scolaire ou universitaire ; aux frontières, ports et aéroports), en établissement social ou médico-social (EHPAD) ou à l’hôpital (cas graves, soignants). 
    • Une attention particulière portée à certaines populations de patients ou circonstances d’infection (patients immunodéprimés, échappement aux vaccins ou aux traitements par anticorps, réinfections). 
    • Une prise en compte de la dimension environnementale (eaux usées), même si elle relève encore de travaux de recherche.

     

    2. La mise en place et dotation d’un nombre limité de plateformes de séquençage pour centraliser l’analyse de ces échantillons, tout en ayant un maillage territorial :

    • Quatre plateformes à visée nationale centralisent et analysent les prélèvements pour séquençage à visée de surveillance (enquêtes Flash) : deux laboratoires du CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoires de l’Institut Pasteur et des Hospices Civils de Lyon), et deux CNR Laboratoires experts pour l'appui au séquençage du SARS-CoV-2 (le CHU Henri Mondor (AP-HP) et le pôle infectieux de l'APHM à Marseille). 
    • Le réseau des laboratoires de virologie répartis sur l’ensemble du territoire reçoit les prélèvements pour séquençage à visée interventionnelle (ex : cas d’un cluster) ou orientés par la clinique (ex : cas d’une réinfection, cas hospitalisés, etc.): ce réseau de proximité coordonné par l’ANRS | MIE est composé d’environ quarante laboratoires (CHU, CH, SSA)
    • Depuis le 19 janvier 2021, certains laboratoires de biologie médicale privés peuvent renforcer les capacités de séquençage génomique de proximité, sur demande de leur ARS. Par ailleurs, un appel à manifestation d'intérêt a été émis par Santé publique France, le 26 mai, à destination des laboratoires privés pour compléter les capacités de séquençage à des fins de surveillance (sélection aléatoire).

        Consulter l'appel à manifestation d'intérêt 

     

    3. L’organisation du data management et de l’analyse intégrative, ainsi que la diffusion et le partage des résultats produits par les structures de séquençage à des fins épidémiologiques et de recherche par : 

    • Le développement d’une infrastructure bioinformatique sécurisée, confiée par Santé publique France à l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), autorisant le recueil et le partage des données pour la surveillance et la recherche, avec des temporalités adaptées à chacun de ces deux segments du projet
    • La mise à disposition des données aux acteurs de la surveillance, au niveau national et régional, et aux équipes de recherche
    • L'alimentation des bases de données internationales (GISAID, ENA) suivant les standards de données définis et dans une approche "Science ouverte"

    L’ensemble doit reposer sur une infrastructure sécurisée autorisant le recueil et le partage des données pour la surveillance et la recherche, avec des temporalités adaptées à chacun de ces deux segments du projet.

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    Les membres du consortium EMERGEN :

    - ANRS | Maladies infectieuses émergentes
    - Santé publique France
    - CNR Virus des infections respiratoires (Institut Pasteur et Hospices civils de Lyon)
    - Laboratoires experts pour l’appui au séquençage du SARS-CoV-2 (APHP Henri Mondor, Créteil et APHM, Marseille) 
    - Réseau des laboratoires de virologie ANRS | Maladies infectieuses émergentes
    - Institut Français de Bioinformatique (IFB)
    - Inserm ITMO Technologie
    - Anses
    - Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH/CEA)
    - Unité des virus émergents (UMR UVE), Marseille
    - Réseau Sentinelles
     

    Les laboratoires du réseau ANRS | Maladies Infectieuses Emergentes impliqués dans le séquençage du SARS-CoV-2 :

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    A noter : Les coordonnées des laboratoires sont réservées aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 et devant adresser leurs prélèvements à séquencer à l'un des laboratoires du réseau ANRS. Pour les obtenir, il faut en faire la demande par e-mail à : ssr@anrs.fr