L’épidémie de Covid-19 a mis en exergue les disparités qui subsistent entre les continents en termes de dispositifs de surveillance et de séquençage. Fin octobre 2021, sur les 4 600 000 séquences partagées sur l’outil public et gratuit GISAID au niveau mondial, seules 49 000 provenaient du continent africain, soit moins d’1% des cas de Covid-19 diagnostiqués sur ce continent.

Objectifs 

• Renforcer les capacités de séquençage et de bioinformatique des laboratoires
• Surveiller l'évolution du SARS-CoV-2 et d’autres agents pathogènes émergents en s’intégrant dans le système national de chaque pays

Le projet devrait permettre de réaliser environ 34 000 séquençages et 54 000 PCR de criblage en mobilisant 22 laboratoires et centres de référence.

Sur le long terme, le programme consolidera des plateformes technologiques en structurant un réseau pérenne de surveillance des pathogènes émergents en Afrique, répondant ainsi aux enjeux « One Health - Santé Globale ».

Chiffres clés

• 1 consortium réunissant 3 partenaires : ANRS | Maladies infectieuses émergentes, Institut Pasteur, IRD
• 10 millions d’euros sur 24 mois (juillet 2021 – juillet 2023) financés par l’Agence Française de Développement dans le cadre de l’initiative « Santé en commun 2 »
• 13 pays : Bénin, Burkina Faso, Cameroun, Côte d’Ivoire, Ghana, Guinée, Madagascar, Mali, Niger, République centrafricaine, République démocratique du Congo, Sénégal, Togo
• 25 partenaires africains, dont 22 laboratoires et centres de référence
• 3 volets d’activités : renforcement de capacités, épidémiologie et séquençage

Les pays partenaires

Les activités

Renforcement de capacités : aménagement des locaux, fourniture d’équipement et de réactifs, et formations, pour renforcer les capacités de séquençage et de tests PCR de criblage des laboratoires cibles 

Epidémiologie : réalisation d’enquêtes et d’études de santé publique afin d’investiguer les caractéristiques épidémiologiques des variants d’intérêt

Séquençage : gestion et partage des données et des séquences afin d’alerter rapidement les autorités de santé et la communauté internationale en cas d’émergence de variant d’intérêt 
 

Coordonné par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes en partenariat avec l’IRD et l’Institut Pasteur, et financé par l’AFD, le projet AFROSCREEN s’inscrit dans la continuité de trois projets coordonnés par ces instituts et soutenus par l’AFD en 2020 (initiative « Santé en commun 1 ») : APHRO-CoV, ARIACOV, et l’appui à plusieurs Instituts Pasteur d’Afrique qui ont tous trois permis le renforcement des capacités des laboratoires dans plusieurs pays d’Afrique en matière de diagnostic.

AFROSCREEN est développé en articulation avec les autorités nationales de chaque pays ainsi qu’avec l’Africa Pathogen Genomics initiative, engagée par le CDC de l’Union Africaine pour la surveillance des variants sur le continent africain.