Agence d’objectifs et de moyens, l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes bénéficie d’une grande autonomie en matière de politique scientifique et de gestion budgétaire.
Chaque année, l’agence définit des priorités scientifiques et lance plusieurs appels à projets sur son périmètre.
Les projets et les allocations de recherche déposés sont évalués par des comités d’experts internationaux, les Commissions Scientifiques Sectorielles (CSS).
L’ANRS | Maladies infectieuses émergentes intervient également dans le processus d’évaluation scientifique des projets de recherches soumis au CAPNET (Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherches sur la Covid-19 piloté par les Ministères des Solidarités et de la Santé et de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation) pour solliciter le label de priorité nationale.
L’agence mobilise des chercheurs de différentes structures et disciplines par le biais d’Actions coordonnées (AC), de groupes de travail et de "task forces", qui construisent une dynamique permanente de réflexion et d’animation scientifique d’où émergent de nouveaux projets de recherche et des synergies entre équipes.
Elle développe également des programmes de recherche dans les pays à ressources limitées. La multidisciplinarité et le travail en réseau des équipes de chercheurs sont privilégiés.