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 L'ANRS a mis en place un réseau dense de partenariats qui lui permet de répondre à ses objectifs et priorités. Les partenariats lui permettent de renforcer l'interaction science et société, de favoriser le transfert et l'application des résultats, de faciliter l'accès à de nouveaux produits utiles à la recherche.

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Les organismes de recherche

L'Inserm (Institut national de santé et de la recherche médicale
L'Institut Pasteur
L'Ird (Institut de recherche pour le développement)
Le Cnrs (Centre national de la recherche scientifique)
Le CEA (Commissariat à l’énergie atomique et aux énergies alternatives)
L'IMEA (Institut de médecine et d'épidémiologie appliquée)
Les universités

Les hôpitaux

L'AP-HP (Asssitance publique-Hôpitaux de Paris)
Les CHU, Centres hospitalo-universitaires
Les CH et CHI, Centres hospitaliers et centres hospitaliers intercommunaux

Les associations de patients

Dès l'émergence de l'épidémie VIH/sida, les associations de patients ont joué un rôle essentiel dans la lutte contre la maladie. Depuis la création de l'ANRS, elles sont associées étroitement à ses activités. Les associations de lutte contre les hépatites jouent également un rôle important à l'agence.

Des représentants associatifs sont membres de la grande majorité des actions coordonnées (AC) de l'ANRS. Elles jouent un rôle majeur dans les AC chargées de l'élaboration et de la mise en œuvre des essais thérapeutiques sur le VIH et les hépatites virales B et C telles que l’AC 5 et AC 24. Elles sont également membres des groupes chargés de la recherche en prévention du VIH et des hépatites.

Des représentants d’associations siègent dans des instances d'évaluation (CSS). C'est le cas, par exemple, du CSS 6 chargé d'examiner les projets de recherche dans les pays du Sud. Ils siègent au conseil d'orientation et au conseil scientifique (CS) de l'ANRS.
Les protocoles de tous les essais thérapeutiques sont soumis à l'avis des associations, dans le cadre d'une concertation établie entre l'ANRS et un collectif associatif, le TRT-5 pour les essais VIH, le CHV pour les essais sur les hépatites virales. Ces concertations permettent notamment de valider les formulaires de consentement et les notes d'informations destinés aux patients qui participent à une étude clinique.
Les associations sont impliquées dans la communication sur les essais thérapeutiques, et participent à la diffusion des informations émanant de l'agence auprès des personnes touchées par l'infection par le VIH et les hépatites virales B et C.

Deux collectifs associatifs jouent un rôle important :

Le TRT-5, regroupe 9 associations : Actions Traitements, Act Up-Paris, Act Up-Sud Ouest, AIDES, Arcat, Dessine-Moi un Mouton, Nova Dona, Sida Info Service, SOLENSI.

Le CHV (Collectif hépatites virales) est composé de 8 associations : Actif Santé, Actions-Traitements, Arcat, ASUD, CIGaLes, Nova Dona, Sida Info Service/Hépatites Info Services, et Transhépate.